სახელმწიფო აუდიტის სამსახურის შეფასებით, „საქართველოს 2016 წლის სახელმწიფო ბიუჯეტის შესრულების მიმდინარეობის შესახებ“ მთავრობის ანგარიში მთლიანობაში მომზადებულია მოქმედი კანონმდებლობის დაცვით, თუმცა მოხსენებაში ხაზგასმულია რამდენიმე ძირითადი საკითხი, რომელთა გათვალისწინება მიზანშეწონილია ბიუჯეტის დაგეგმვის/შესრულების პროცესის სრულყოფისა და სახელმწიფოს სექტორის ფინანსური მართვის სისტემის ფუნქციონირების გასაუმჯობესებლად:
- საგადასახადო შემოსავლების მობილიზების საკითხი - ფინანსთა მინისტრის 2015 წლის 7 დეკემბრის ბრძანებით გადასახადების გადახდა ხორციელდება ხაზინის ერთიანი ანგარიშის გადასახადებისთვის განკუთვნილ ერთიან სახაზინო კოდზე, რამაც მნიშვნელოვნად გაამარტივა გადასახადების გადახდის პროცესი, ხოლო მეორე მხრივ, შეუძლებელი გახდა წლის განმავლობაში მობილიზებული, სახელმწიფო ბიუჯეტში მისამართი საგადასახადო შემოსავლების (როგორც აგრეგირებულად, ასევე ცალკეული გადასახადების დონეზე) ზუსტი ოდენობის განსაზღვრა და წლიურ/კვარტალურ გეგმებთან მიმართებაში მათი შესრულების მდგომარეობის შესახებ სრულყოფილი სურათის წარმოდგენა.
- წლიური საპროგნოზო მაჩვენებლიდან მნიშვნელოვანი ჩამორჩენით ხასიათდება დივიდენდის სახით მისაღები შემოსავალი - 2016 წლის 8 თვის მდგომარეობით დივიდენდების სახით მიღებულმა სახსრებმა 217 ათასი ლარი და წლიური გეგმის მხოლოდ 8.7%-ს შეადგენს;
- ცალკეული პროგრამების შემთხვევაში, მოსალოდნელია ფისკალური წლის დასასრულს გადასახდელების ათვისების მკვეთრი ზრდის ტენდენცია – ცალკეული პროგრამების შემთხვევაში, გასული წლების მსგავსად, კვლავ მოსალოდნელია ფისკალური წლის დასასრულს გადასახდელების ათვისების მკვეთრი ზრდის ტენდენცია. ბიუჯეტის კანონით გამოყოფილი წლიური ასიგნებების სრულად ათვისების შემთხვევაში, დარჩენილი 4 თვის საშუალო ათვისების მაჩვენებელი 37 პროგრამისთვის გადააჭარბებს პირველი 8 თვის საშუალო ათვისების მნიშვნელობას. წლის ბოლოსათვის აუთვისებელი საბიუჯეტო სახსრების მასშტაბური ხარჯვა კი ქმნის საბიუჯეტო რესურსების არაეფექტიანად და არამიზნობრივად გახარჯვის რისკს;
- „შრომის ანაზღაურების“ მუხლით გაცემული საბიუჯეტო სახსრები არასრულყოფილად ასახავს ამ მიზნობრიობით ათვისებული რესურსის ჯამურ მოცულობას - აღნიშნული მუხლი არ იძლევა სრულ ინფორმაციას საჯარო სექტორში შტატით გათვალისწინებული მომუშავეების მიერ წლის განმავლობაში მიღებული შრომის ანაზღაურების შესახებ. კერძოდ, მომუშავეთა შრომის ანაზღაურებაზე ხარჯების გაწევა ხდება არამხოლოდ „შრომის ანაზღაურების“, არამედ „სუბსიდიებისა“ და „სხვა ხარჯების“ მუხლებიდანაც, საიდანაც 2016 წლის განმავლობაში ამ მიმართულების ათვისებულმა თანხამ 35 მლნ ლარი შეადგინა;
- საბიუჯეტო ორგანიზაციების მიერ განხორციელებული შესყიდვები ხარვეზებით ხასიათდება - ამ მიმართულებით არსებულ ხარვეზებზე მიუთითებს: წლის განმავლობაში საჯარო უწყებების სახელმწიფო შესყიდვების დამტკიცებულ გეგმებში განხორციელებული ხშირი და მასშტაბური ცვლილებები; შეწყვეტილი და არშემდგარი ტენდერების დიდი ოდენობა; სირთულეები ბაზრის კვლევასთან, ასევე შესასყიდი საქონლისა თუ მომსახურების ტექნიკური და ხარისხობრივი მახასიათებლების განსაზღვრასთან დაკავშირებით და სხვა.;
- მთავრობის სარეზერვო ფონდიდან ფინანსდება როგორც სისტემატური/ყოველწლიური ხასიათის ქონე ღონისძიებები, ასევე ის აქტივობები , რომლებიც თავიანთი მნიშვნელობიდან და მასშტაბიდან გამომდინარე არ შეიძლება ჩაითვალოს გაუთვალისწინებელ ხარჯად – საქართველოს საბიუჯეტო კოდექსის მიხედვით, მთავრობის სარეზერვო ფონდიდან სახსრები გამოიყოფა გაუთვალისწინებელი გადასახდელების დასაფინანსებლად, თუმცა, გარკვეულ შემთხვევებში ფონდის სახსრები მიიმართება სისტემატური/ყოველწლიური ხასიათის მქონე ისეთი ღონისძიებების დასაფინანსებლად, რომელთა სათანადოდ დაგეგმვის შემთხვევაში შესაძლებელი იქნებოდა მათი შესაბამისი მხარჯავი დაწესებულებების ასიგნებებში გათვალისწინება. აღნიშნულის გამოსასწორებლად აუცილებელია საბიუჯეტო ორგანიზაციების მხრიდან ადგილი ჰქონდეს წლის განმავლობაში მათ მიერ განსახორციელებელი ღონისძიებებისა და შესაბამისი ასიგნებების ოდენობების დროულ განსაზღვრას;
- საგარეო ვალდებულებების კუთხით, აღსანიშნავია, რომ ხშირ შემთხვევებში შეფერხებებით ხორციელდება გამოყოფილი საგარეო საკრედიტო რესურსის ათვისება (8 თვის მდგომარეობით მხოლოდ 37.1%) და შესაბამისად, პროექტების განხორციელება, რის შედეგადაც სესხის აუთვისებელ ნაწილზე ბიუჯეტიდან გაწეულია სესხის მომსახურებასთან დაკავშირებული დამატებითი ხარჯები, ვალდებულების გადასახადის სახით. გარდა ამისა, საყურადღებოა, რომ არ ხდება სახელმწიფო წილობრივი მონაწილეობით შექმნილი საწარმოების ვალდებულებების სახელმწიფოს ვალის პორტფელში აღრიცხვა. საერთაშორისო სავალუტო ფონდის მიერ შემუშავებული სახელმწიფო ფინანსების სტატისტიკის სახელმძღვანელოს მიხედვით (GFSM 2001), იმ შემთხვევაში, როდესაც მსესხებლის მიერ საკრედიტო ვალდებულებების მომსახურება ხორციელდება სახელმწიფოს მიერ აქციების და სხვა კაპიტალის ზრდის შედეგად (2016 წელს ერთ-ერთი მაგალითია შპს „მექანიზატორი“), მიზანშეწონილია, რომ ამავდროულად იგი აღიარებულ იქნეს, როგორც ვალდებულებების ზრდა. სახელმწიფო აუდიტის სამსახურს შეფასებით, მიზანშეწონილია, აღრიცხულ იქნეს სახელმწიფო წილობრივი მონაწილეობით შექმნილი საწარმოების სასესხო ვალდებულებები და განხორციელდეს მათი კლასიფიცირება პირდაპირ ან/და პირობით ვალდებულებებად.