დეპარტამენტის აუდიტორული საქმიანობის ძირითად მიმართულებებს წარმოადგენს ჯანმრთელობის დაცვის, განათლებისა, კულტურის, სპორტის და სოციალური დაცვის საკითხები.
დეპარტამენის კომპეტენციაში შედის ჯანდაცვის სფეროს ადმინისტრაციული და მმართველობითი ხარჯების, ჯანდაცვის სახელმწიფო პროგრამების ფარგლებში გაწეული ხარჯები. ასევე ჯანდაცვის სფეროში მოქმედი საჯარო დაწესებულებების ფუნქციონირებასთან დაკავშირებული ხარჯების აუდიტი.
დეპარტამენტი ამოწმებს განათლების, კულტურის და სპორტის სფეროში განხორციელებული სახელმწიფო პროგრამების ადმინისტრაციული და საოპერაციო ხარჯებს, ამ სფეროში მოქმედი საჯარო სამართლის იურიდიული პირების საქმიანობას.
გარდა ამისა, დეპარამენტი ახორციელებს სახელმწიფოს მიერ სოციალური დაცვის პროგრამებზე გამოყოფილი სახსრების აუდიტს.
დეპარტამენტი აუდიტის საფუძველზე ამზადებს ანგარიშებს ფინანსური, შესაბამისობის და ეფექტიანობის მიმართულებით, შეიმუშავებს რეკომენდაციებს შიდა კონტროლის მექანიზმების გაუმჯობესების და დარღვევა-ნაკლოვანებათა პრევენციის მიზნით, აგრეთვე შესაბამისი ადმინისტრაციულ-სამართლებრივი აქტების სრულყოფის თაობაზე; იკვლევს გაცემული რეკომენდაციების შესრულების მდგომარეობას.