ეფექტიანობის აუდიტის დეპარტამენტი უზრუნველყოფს საჯარო დაწესებულებების საქმიანობის და მათ მიერ განხორციელებული პროგრამების ეკონომიურობის, პროდუქტიულობისა და ეფექტიანობის შემოწმებას, შეფასებასა და შესაბამისი რეკომენდაციების მომზადებას.
დეპარტამენტის აუდიტორული უფლებამოსილება ვრცელდება სახელმწიფო, ავტონომიური რესპუბლიკებისა და ადგილობრივი თვითმმართველი ბიუჯეტებიდან დაფინანსებულ პროგრამებსა და ღონისძიებებზე, ასევე სახელმწიფო მომსახურებისათვის გაწეულ ხარჯებსა და დონორების მიერ დაფინანსებულ პროექტებზე.
დეპარტამენტის შემადგენლობაში შედის ინფორმაციული ტექნოლოგიების აუდიტის სამსახური, რომლის მიზანიცაა საჯარო სექტორში არსებული სისტემური და ტექნოლოგიური რისკების იდენტიფიცირება და მათზე რეაგირება, ასევე საჯარო სექტორის ელექტრონული სერვისების გამჭვირვალედ და ეფექტიანად ფუნქციონირების ხელშეწყობა.
