აფხაზეთის ავტონომიურ რესპუბლიკაში აუდიტის დეპარტამენტის უფლებამოსილება ვრცელდება ავტონომიური რესპუბლიკის საკანონმდებლო და აღმასრულებელი ხელისუფლების ორგანოებზე, მის ტერიტორიაზე არსებულ ადგილობრივი თვითმმართველობის ორგანოებზე, ასევე ავტონომიური რესპუბლიკის ან მის ტერიტორიაზე არსებული ადგილობრივი თვითმმართველი ერთეულის მიერ შექმნილ საჯარო სამართლის იურიდიულ პირებსა და 50% და მეტი წილობრივი მონაწილეობით შექმნილ საწარმოზე.
დეპარტამენტი ავტონომიური რესპუბლიკის უმაღლეს საბჭოს ყოველწლიურად წარუდგენს ინფორმაციას ავტონომიური რესპუბლიკის ბიუჯეტის ხარჯვასა და შესრულებასთან დაკავშირებული აუდიტის შედეგების შესახებ.
გარდა ამისა, დეპარტამენტი უმაღლეს საბჭოს წარუდგენს მოხსენებებს მიმდინარე წლისა და გასული წლის ბიუჯეტების შესრულების თაობაზე აფხაზეთის ავტონომიური რესპუბლიკის მთავრობის ანგარიშების შესახებ.
