დეპარტამენტის ძირითადი ამოცანებია: საჯარო ფინანსების მართვაში არსებული სისტემური პრობლემების იდენტიფიცირება და შესაბამისი გადაჭრის გზების საკანონმდებლო და აღმასრულებელი ხელისუფლებისათვის შეთავაზება; სახელმწიფო აუდიტის სამსახურში სტრატეგიული და ოპერაციული დაგეგმვის კოორდინაცია და მონიტორინგი, ასევე ბიზნეს პროცესების გაუმჯობესება; თანამშრომლობის გაღრმავება საზღვარგარეთის ქვეყნების და საერთაშორისო უმაღლეს აუდიტორულ ორგანიზაციებთან, აგრეთვე - დონორებთან.
დეპარტამენტი მასზე დაკისრებულ ამოცანებს შემდეგი სამსახურების მეშვეობით ახორციელებს:
სახელმწიფო ბიუჯეტის ანალიზის სამსახური ამზადებს სახელმწიფო აუდიტის სამსახურის მოხსენებებს სახელმწიფო ბიუჯეტის შესრულების მიმდინარეობისა და წლიური ანგარიშების შესახებ, ასევე - დასკვნას სახელმწიფო ბიუჯეტის შესახებ კანონის პროექტზე; იკვლევს საჯარო ფინანსების მართვაში არსებული სარისკო სფეროებისა და სისტემური ხასიათის მქონე ნაკლოვანებებს და გასცემს შესაბამის რეკომენდაციებს; ამზადებს ანალიტიკურ-კვლევით პუბლიკაციებს; მართავს ანალიტიკურ ვებ-პლატფორმას – „ბიუჯეტის მონიტორს“.
სტრატეგიული ანალიზის სამსახური კოორდინაციას უწევს სახელმწიფო აუდიტის სამსახურის წლიური აუდიტორული საქმიანობის დაგეგმვას; ახორციელებს წლიური აუდიტორული საქმიანობის გეგმის შესრულების მონიტორინგს; აანალიზებს აუდიტის რეკომენდაციების შესრულების მდგომარეობას და ახდენს მათ სისტემატიზაციას; ამზადებს სახელმწიფო აუდიტის სამსახურის საქმიანობის სტრატეგიულ და სამოქმედო გეგმებს; ასევე - საქართველოს პარლამენტში წარსადგენ სამსახურის საქმიანობის ყოველწლიურ ანგარიშს.
დონორებთან ურთიერთობის სამსახური ავითარებს საერთაშორისო და ადგილობრივ პარტნიორ დონორ ორგანიზაციებთან თანამშრომლობას; ახდენს ფონდების მოძიების გრძელვადიანი სტრატეგიის დასახვას, ფონდების მოძიებასა და საგრანტო წინადადების შემუშავებას; ამზადებს თანამშრომლობის შესახებ შეთანხმებებს, მათ შორის, მემორანდუმებსა და ხელშეკრულებებს; ამზადებს პუბლიკაციებს სამსახურის პრაქტიკის გასაზიარებლად; კოორდინირებას უწევს სამსახურის საერთაშორისო ღონისძიებების მოწყობას.
