დეპარტამენტის აუდიტორული საქმიანობა მოიცავს თავდაცვის, საზოგადოებრივი წესრიგის დაცვის, პოლიციის, იუსტიციის, სასამართლოების, სახელმწიფო უსაფრთხოების უწყებების და სასჯელაღსრულების დაწესებულებების საქმიანობას.
დეპარტამენტი უზრუნველყოფს საქართველოს თავდაცვის სამინისტროს, შინაგან საქმეთა სამინისტროს, იუსტიციის სამინისტროს, საერთო სასამართლოების, სახელმწიფო უსაფრთხოების სფეროში შემავალი უწყებებისა და მათ კონტროლს დაქვემდებარებული საჯარო და კერძო სამართლის იურიდიული პირების აუდიტს.
დეპარტამენტი აუდიტის საფუძველზე ამზადებს ანგარიშებს ფინანსური, შესაბამისობისა და ეფექტიანობის მიმართულებით, შეიმუშავებს რეკომენდაციებს შიდა კონტროლის მექანიზმების გაუმჯობესების, დარღვევა-ნაკლოვანებათა პრევენციისა და საქმიანობის ეფექტიანობის გაუმჯობესების მიზნით. დეპარტამენტი ასევე უზრუნველყოფს გაცემული რეკომენდაციების შესრულების მონიტორინგს.
