დეპარტამენტის ძირითადი ამოცანებია: სახელმწიფო აუდიტის სამსახურის ბიუჯეტის დაგეგმვა და მისი შესრულების კოორდინაცია, აგრეთვე სამსახურის მატერიალური უზრუნველყოფა.
დეპარტამენტი მასზე დაკისრებულ ამოცანებს შემდეგი სამსახურების მეშვეობით ახორციელებს:
საფინანსო სამსახური გეგმავს სამსახურის ბიუჯეტს, აწარმოებს ბუღალტრულ აღრიცხვასა და ანგარიშგებას; სამსახურის საჭიროებისათვის გეგმავს და ახორციელებს საქონლის, მომსახურებისა და სამუშაოთა შესყიდვას.
ლოჯისტიკის სამსახური აღრიცხავს სამსახურის ბალანსზე არსებულ უძრავ და მოძრავ ქონებას, ორგანიზებას უწევს და ზედამზედველობს სამსახურის ინფრასტრუქტურასთან დაკავშირებულ სარემონტო-სარეკონსტრუქციო სამუშაოებს, ახორციელებს სამსახურის მატერიალურ-ტექნიკურ უზრუნველყოფას.
