დეპარტამენტი ამოწმებს თვითმმართველი ერთეულების მიერ ბიუჯეტის შესრულებას, ასევე ქონებისა და სახსრების ხარჯვასა და გამოყენებას. დეპარტამენტი ახორციელებს თვითმმართველობის ორგანოების, ასევე თვითმმართველი ერთეულის მიერ 50 პროცენტი და მეტი წილობრივი მონაწილეობით შექმნილი საწარმოების აუდიტს.
დეპარტამენტი აუდიტის საფუძველზე ამზადებს ანგარიშებს ფინანსური, შესაბამისობის და ეფექტიანობის მიმართულებით, შეიმუშავებს რეკომენდაციებს შიდა კონტროლის მექანიზმების გაუმჯობესების და დარღვევა-ნაკლოვანებათა პრევენციის მიზნით, აგრეთვე შესაბამისი ადმინისტრაციულ-სამართლებრივი აქტების სრულყოფის თაობაზე; იკვლევს გაცემული რეკომენდაციების შესრულების მდგომარეობას.
დეპარტამენტი მასზე დაკისრებულ ამოცანებს შემდეგი სამსახურების მეშვეობით ახორციელებს:
თბილისის და აღმოსავლეთ საქართველოს თვითმმართველი ერთეულების აუდიტის სამსახური;
დასავლეთ საქართველოს თვითმმართველი ერთეულების აუდიტის სამსახური;