ადმინისტრაციის ძირითადი ამოცანაა სახელმწიფო აუდიტის სამსახურის ორგანიზაციული და ადმინისტრაციული საქმიანობის უზრუნველყოფა.
ადმინისტრაცია მასზე დაკისრებულ ამოცანას შემდეგი სამსახურების მეშვეობით ახორციელებს:
საორგანიზაციო და პროტოკოლის სამსახური უზრუნველყოფს სამსახურის ერთიან საქმისწარმოებას, არქივის წარმოებას, სამსახურის სამართლებრივი აქტების სისტემატიზაციას, მკაცრი აღრიცხვის ფორმების წარმოებას, სახელმწიფო საიდუმლოების დაცვის კონტროლს, სამსახურის პრეზიდიუმის სხდომების მომზადებას, ასევე ოფიციალური ვიზიტების, საერთაშორისო კონფერენციების, სემინარების, ფორუმების დაგეგმვა-ორგანიზებას და პროტოკოლით გათვალისწინებულ სხვა ღონისძიებებს.
გენერალური აუდიტორის და მისი მოადგილეების სამდივნო უზრუნველყოფს გენერალური აუდიტორის, მისი მოადგილეების სამუშაო შეხვედრების ორგანიზებას.
მედიასა და საზოგადოებასთან ურთიერთობის სამსახური უზრუნველყოფს სამსახურის საინფორმაციო-საკომუნიკაციო ფუნქციონირებას და ორგანიზებას უწევს სამსახურის ურთიერთობას საზოგადოებასა და მედიასთან. ადმინისტრირებას უწევს სამსახურის საკომუნიკაციო საშუალებებს, ვებგვერდებს, სოციალურ ქსელებს და შიდა პორტალს, ახორციელებს სხვა ღონისძიებებს შიდა და გარე კომუნიკაციის მიმართულებით.
