სახელმწიფო აუდიტის სამსახურის პრეზიდიუმი სათათბირო ორგანოა. იგი უფლებამოსილია განიხილოს და გადაწყვიტოს ადმინისტრაციული დავა სახელმწიფო აუდიტის სამსახურის აუდიტის ანგარიშთან დაკავშირებით. პრეზიდიუმი ასევე განიხილავს აუდიტორული საქმიანობის წლიური გეგმის პროექტს, ორგანიზაციის სამეურნეო, მატერიალური-ტექნიკური და საფინანსო საკითხებსა და სამსახურის მიერ შემუშავებული ყოველწლიურ ანგარიშს. სახელმწიფო აუდიტის სამსახურის პრეზიდიუმის სხდომებს თავმჯდომარეობს გენერალური აუდიტორი, რომელიც ასევე განსაზღვრავს პრეზიდიუმის შემადგენლობასა და წევრთა რაოდენობას.
