ქვეყნის უმაღლესი აუდიტორული ორგანო სახელმწიფო აუდიტის სამსახურის სახით 2012 წლიდან ჩამოყალიბდა. კანონმდებლობითა და მეთოდოლოგიით, სახელმწიფო აუდიტის სამსახურის მანდატი განისაზღვრა როგორც საჯარო სექტორის აუდიტორი.
საქართველომ აირჩია უმაღლესი აუდიტორული ორგანოს საპარლამენტო მოდელი, რომელიც აკადემიურად ვესტმინსტერულ მოდელად მოიხსენიება. ამ მოდელით, საქართველოს უმაღლეს აუდიტორულ ორგანოს მართავს ერთპიროვნული ხელმძღვანელი, რომელსაც ირჩევს პარლამენტი და ანგარიშვალდებულია მხოლოდ პარლამენტის წინაშე.
სახელმწიფო აუდიტის სამსახური არის უმაღლესი აუდიტორული ორგანოების საერთაშორისო ორგანიზაციის (INTOSAI), უმაღლესი აუდიტორულ ორგანოთა ევროპული ორგანიზაციის (EUROSAI), უმაღლესი აუდიტორული ორგანოების აზიური ორგანიზაციის (ASOSAI) წევრი.
აღსანიშნავია, რომ სახელმწიფო აუდიტის სამსახურის ისტორია 1918 წელს საქართველოს სახელმწიფოებრივი დამოუკიდებლობის აღდგენასთან ერთად დაიწყო.
1918 წელს შეიქმნა სახელმწიფო კონტროლიორის ინსტიტუტი. 1918-1921 წლებში პარლამენტმა მიიღო რიგი საკანონმდებლო აქტები, რომლითაც ჩამოყალიბდა სახელმწიფო ფინანსური კონტროლის სისტემა. საქართველოს 1921 წლის კონსტიტუციით საქართველოს აუდიტის სამსახურის სტატუსი განისაზღვრა როგორც ქვეყნის უმაღლესი აუდიტორული ინსტიტუცია.,მას მანდატით მინიჭებული ჰქონდა უფლება, შეემოწმებინა სახელმწიფო ბიუჯეტის სისწორით ასრულება, შეესწავლა სახელმწიფოს შემოსავლები და ხარჯები, მთავრობისა და სხვადასხვა უწყების ხარჯთაღრიცხვა და ანგარიშები, ასევე შეემოწმებინა ადგილობრივი თვითმმართველობის ფინანსები.
1921 წლიდან 1991 წლამდე, საბჭოთა ოკუპაციის გამო, სახელმწიფო კონტროლიორის ინსტიტუტი არ ფუნქციონირებდა. კომუნისტური მმართველობის პერიოდში უმაღლესი აუდიტორული ორგანოს ნაცვლად ჩამოყალიბდა სსრკ სახალხო კონტროლის სისტემა, რომელიც დროთა განმავლობაში იცვლიდა სახელწოდებას და ფუნქციას.
2019 წელს სახელმწიფო აუდიტის სამსახურის ინიციატივით, ისტორიკოსთა ჯგუფმა საფუძვლიანად შეისწავლა საარქივო მასალა და გამოიცა წიგნი ,,საქართველოს დემოკრატიული რესპუბლიკის სახელმწიფო კონტროლი“.
